Què cal saber
- Alguns fitxers PDB són fitxers de bases de dades de programes.
- Obre'n un amb un editor de text o un programa com Geneious.
- Convertiu a un altre format amb el mateix programa que obre el vostre fitxer de base de dades específic.
Aquest article explica què és un fitxer PDB, com obrir-ne un i com convertir-ne un a un format diferent.
Què és un fitxer PDB?
Un fitxer amb l'extensió de fitxer PDB és probablement un fitxer de base de dades de programa que s'utilitza per contenir informació de depuració sobre un programa o mòdul, com ara un fitxer DLL o EXE. De vegades s'anomenen fitxers de símbols.
El fitxer assigna diversos components i declaracions del codi font al producte final compilat, que el depurador pot utilitzar per trobar el fitxer font i la ubicació de l'executable en què hauria d'aturar el procés de depuració.
Alguns fitxers PDB poden tenir el format de fitxer de Protein Data Bank. Aquests són fitxers de text senzill que emmagatzemen coordenades relacionades amb les estructures de proteïnes.
Altres fitxers PDB es poden crear en el format de fitxer Palm Database o PalmDOC i utilitzar-los amb el sistema operatiu mòbil PalmOS; alguns fitxers d'aquest format utilitzen l'extensió de fitxer. PRC. Un altre format que utilitza aquesta mateixa extensió és Tanida Demo Builder.
Com obrir un fitxer PDB
Diferents programes utilitzen el seu propi fitxer PDB per emmagatzemar dades en algun tipus de format de base de dades estructurada, de manera que cada aplicació s'utilitza per obrir el seu propi tipus.
Geneious, Quicken, Visual Studio i Pegasus són només alguns exemples de programes que poden utilitzar el fitxer com a fitxer de base de dades. Radare i PDBparse també poden funcionar.
Alguns fitxers PDB s'emmagatzemen com a text sense format, com els fitxers de la base de dades de depuració de programes de Geneious, i són completament llegibles pels humans si s'obren en un editor de text. Podeu obrir aquest tipus de fitxer PDB amb qualsevol programa que pugui llegir documents de text, com ara el programa Bloc de notes integrat a Windows. Alguns altres visors i editors compatibles inclouen Notepad++ i Brackets.
La resta de fitxers PDB no són documents de text i només són útils quan s'obren amb el programa al qual està destinat. Per exemple, si el vostre està relacionat d'alguna manera amb Quicken, proveu d'utilitzar aquest programari per veure'l o editar-lo. Visual Studio espera veure un fitxer PDB a la mateixa carpeta que el fitxer DLL o EXE.
Podeu veure i editar fitxers del banc de dades de proteïnes a Windows, Linux i macOS amb Avogadro. Aquests programes també poden obrir el fitxer: Jmol, RasMol, QuickPDB i USCF Chimera. Com que són text sense format, també podeu obrir-ne un en un editor de text.
Palm Desktop hauria de poder obrir aquest fitxer si es troba en el format de fitxer de la base de dades Palm, però és possible que primer hagis de canviar-li el nom perquè tingui l'extensió de fitxer PRC perquè aquest programa el reconegui. Calibre és una altra opció.
Per obrir un fitxer PalmDOC PDB, proveu STDU Viewer.
Tanida Demo Builder obre fitxers en aquest format.
Com convertir un fitxer PDB
Els fitxers de la base de dades del programa probablement no es poden convertir a un format de fitxer diferent, almenys no amb una eina de conversió de fitxers normal. En canvi, si hi ha alguna aplicació que pugui convertir aquest tipus de fitxers, seria el mateix programa que el pot obrir.
Per exemple, si necessiteu convertir el fitxer de base de dades de Quicken, proveu d'utilitzar aquest programa per fer-ho. Aquest tipus de conversió, però, probablement no només sigui de poca utilitat, sinó que tampoc no és compatible amb aquestes aplicacions de bases de dades (és a dir, probablement no necessiteu convertir aquest tipus de fitxer PDB a cap altre format).
Els fitxers
Protein Data Bank es poden convertir a altres formats amb MeshLab. Per fer-ho, primer haureu de convertir-lo a WRL amb PyMOL des del Fitxer > Desa la imatge com a > VRML menú i, a continuació, importeu el fitxer WRL a MeshLab i utilitzeu el menú File > Exporta la malla com a per convertir finalment el fitxer PDB a STL o un altre format de fitxer.
Si no necessiteu que el model estigui en color, podeu exportar el fitxer directament a STL amb USCF Chimera (l'enllaç de descàrrega és a d alt). En cas contrari, podeu utilitzar el mateix mètode anterior (amb MeshLab) per convertir PDB a WRL amb USCF Chimera i després exportar WRL a STL amb MeshLab.
Per convertir PDB a PDF o EPUB, si teniu un fitxer PalmDOC, és possible de diverses maneres, però el més fàcil és probablement utilitzar un convertidor en línia com Zamzar. Podeu penjar el vostre fitxer a aquest lloc web per tenir l'opció de convertir-lo a aquests formats, així com a AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT i altres formats de fitxers de llibres electrònics.
Per convertir-ne un al format FASTA es pot fer amb el convertidor en línia de PDB a FASTA de Meiler Lab.
També és possible desar aquest fitxer en CIF (format d'informació cristal·logràfica) en línia mitjançant PDBx/mmCIF.
Encara no el pots obrir?
Fitxers que no s'obren amb cap de les eines de d alt, probablement no siguin fitxers PDB. El que pot estar passant és que esteu llegint malament l'extensió del fitxer; alguns formats utilitzen un sufix que s'assembla molt a PDB, quan realment no estan relacionats i no funcionen igual.
Per exemple, un fitxer PDF és un fitxer de document, però la majoria dels programes de d alt no representaran correctament el text i/o les imatges si intenteu obrir-ne un amb aquests programes. El mateix passa amb altres fitxers amb extensions de fitxer escrites de manera semblant, com ara fitxers DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO i WPD.
PBD és un altre que pertany al programa EaseUS Todo Backup i, per tant, només és útil quan s'obre amb aquest programari.
Si no teniu cap fitxer PDB, cerqueu l'extensió de fitxer que té el vostre fitxer per trobar el programa adequat que l'obri o el converteixi.
Lectura avançada en fitxers PDB
Podeu llegir molt més sobre fitxers de bases de dades de programes de GitHub i Wintellect.
També hi ha més informació sobre els fitxers del Banc de dades de proteïnes; vegeu Worldwide Protein Data Bank i RCSB PDB.
Preguntes més freqüents
- Com ho soluciono quan Visual Studio no pot trobar o obrir fitxers PDB? Si veus un missatge que indica que Visual Studio no pot trobar ni obrir el fitxer PDB, prova-ho utilitzant l'eina de depuració de Visual Studio. Aneu a Eines > Opcions > Depuració > símbols iseleccioneu Microsoft Symbol Servers
- Com puc obrir un fitxer PDB a Android? Per obrir un fitxer PDB a Android, utilitzeu un lector de fitxers de tercers. Baixeu l'aplicació Cool Reader o qualsevol altre lector compatible amb fitxers PDB a Google Play.
